Par défaut, Maven sépare les sources java des autres ressources, telles que les fichiers properties ou les fichiers XML. Ceci, constitue en général, une bonne pratique. Cependant, si vous migrez une application et que vous ne désirez pas séparer les ressources des sources Java, il est impératif d'en informer Maven, sinon vous risquerez d'avoir des surprises (un WAR sans le moindre fichier properties).
Pour ce faire, ajoutez ce bout de code XML au fichier POM de votre projet :
...
src/main/java
**/*.java
...
Cette déclaration informe Maven que le répertoire src/main/java contient des ressources et qu'il ne faut pas prendre en compte les fichiers Java (sinon ils risquent d'être inclus dans l'artéfact généré par Maven).